R语言单细胞降维后legend顺序是乱的

Question

单细胞分析降维后legend不是按照正常顺序排列

p1 <- DimPlot(object.combined, reduction = "umap", group.by = "orig.ident", pt.size = 1.0)
  p2 <- DimPlot(object.combined, reduction = "umap", label = T, pt.size = 1.0)
  p1 + p2
  dev.off()

Answer 1

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解决方案

该问题可能是由于 DimPlot 函数中 group.by 参数设置为 "orig.iden" 导致的。R 语言中，由于 orig.iden 的顺序与原有的顺序不一致，所以导致 legend 顺序混乱。

建议

可以尝试以下方法来解决这个问题：

1. 将 group.by 参数设置为原有的条件变量，如 group.by = "celltype"（此处为示例，具体取决于你的数据）。
2. 如果需要保持原有的顺序，不妨对条件变量进行重新排列，以便 DimPlot 函数可以正确地对 legend 进行排序。

核心代码：

p1 <- DimPlot(object.combined, reduction = "umap", group.by = "celltype")

或者：

p1 <- DimPlot(object.combined, reduction = "umap", group.by = sort(object.combined[, "orig.iden"]))