R语言绘制每个分组的降维图时发现降维图是按照字母顺序排列

Question

R语言绘制每个分组的降维图时发现降维图是按照字母顺序排列，不是按照生物学分组。

DimPlot(object.combined, reduction = "umap", split.by = "orig.ident", ncol = 5, pt.size = 1.0）

Answer 1

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解决方案 问题是关于绘制降维图时按照分组顺序排列的问题，根据您提供的代码，我们发现使用了 split.by 参数，但可能没有按照预期进行排序。

解决方法 您可以尝试使用 reorder 函数对分组进行排序后再进行绘制，如下所示：

DimPlot(object.combined, reduction = "umap") +
  theme(axis.text.x = element_text(reorder = TRUE))

或者，您可以根据生物学分组的顺序自行定义分组顺序，然后使用 reorder 函数进行排序：

# 根据生物学分组的顺序定义分组顺序
groups <- reorder(object.combined$ori, c("A", "B", "C", "D"))

# 绘制降维图
DimPlot(object.combined, reduction = "umap", split.by = "ori") +
  labs(x = "Dimension 1", y = "Dimension 2") + 
  theme(axis.text.x = element_text(reorder = groups))

注 最终的解决方案需要根据您的具体需求和数据来进行调整。