将两个cellchat merge后绘制不同细胞群之间的相互作用数量或相互作用强度报错

Question

将两个cellchat merge后绘制不同细胞群之间的相互作用数量或相互作用强度报错

两个cellchat细胞分类不一样

cellchat_p <- readRDS("E:\\R\\RDS3\\Primary_Cellchat.rds") 
  cellchat_m <- readRDS("E:\\R\\RDS3\\Metastatic_Cellchat.rds") 
  
  object.list <- list(cellchat_p, cellchat_m)
  cellchat <- mergeCellChat(object.list, add.names = c("Primary", "Metastatic"))
 #不同细胞群之间的相互作用数量或相互作用强度不同
  pdf(file ="E:\\R\\RDS3\\netVisual_diffInteraction.pdf", width = 25, height =14)
  par(mfrow = c(1,2), xpd=FALSE)
  gg1 <- netVisual_diffInteraction(cellchat, weight.scale = T)
  gg2 <- netVisual_diffInteraction(cellchat, weight.scale = T, measure = "weight")
  gg1 + gg2
  dev.off()

报错结果：

Answer 1

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根据你的问题描述，可能的解决方案是：

你是在使用cellchat包绘制细胞群之间的相互作用图时遇到的问题。根据你的问题描述，两个cellchat细胞分类不一样，因此当你尝试merge它们时，可能会出现错误。

你可以尝试以下解决方案：

1. 确保两个cellchat的细胞分类是兼容的，并且具有公共细胞分类标签。
2. 你可以使用cellchat::merge函数来合并两个cellchat，按照以下方式：

merged_cellchat <- merge(cellchat_p, cellchat_q, by = "细胞分类标签")

replace '细胞分类标签' 为实际的细胞分类标签。

1. 如果你的细胞分类不兼容，需要使用相同的细胞分类标签来重新分组细胞。例如你可以使用dplyr包来重新分组：

library(dplyr)
merged_cellchat <- left_join(cellchat_p, cellchat_q, by = c("细胞分类标签" = "细胞分类标签"))

1. 验证你的细胞分类是否正确，并保证它们可以merge。

如果你仍然遇到问题，需要额外的信息才能提供具体的解决方案。