FFV自由体积分数的分析脚本？

Question

MS中的后处理，关于自由体积分数FFV这个结果图是怎么做出来的？

Answer 1

针对 Materials Studio（MS）中自由体积分数（FFV）结果图的制作，流程如下：

1. 基础前提
   需先完成分子动力学（MD）模拟（如 NPT/NVT 系综），得到平衡后的轨迹文件（.trj）或结构文件。
2. MS 后处理步骤
   导入文件
   打开 MS，导入模拟后的结构 / 轨迹文件。
   选择分析工具
   依次点击：Modules → Amorphous Cell → Free Volume（部分版本在Tools或Analysis菜单下）。
   参数设置
   选择目标结构 / 轨迹片段；
   设置探针半径（通常取 0.1-0.3 nm，对应小分子的范德华半径）；
   选择分析方式（如 “Grid” 网格法，常用网格精度 0.1 nm）。
   运行分析
   点击Calculate，程序会计算自由体积分布并生成数据。
   生成结果图
   分析完成后，在Results面板中选择自由体积相关数据，通过View → Graphics调整可视化参数（如颜色、透明度），即可得到 FFV 的三维分布图或二维截面图。