农学专业论文分析数据

Question

诚心请教配合力与遗传多样性分析的软件操作方法，本人零基础，可支付相应报酬！

Answer 1

一、配合力分析（R语言，NCII设计最常用）

1. 数据准备：CSV列必须有 区组、父本、母本、目标性状（比如产量），先清缺失值、异常值。
2. 装包+读数据

   install.packages("sommer")
   library(sommer)
   dat = read.csv("你的数据.csv")
   # 把分类变量转成因子，不然模型跑不了
   dat$Block=as.factor(dat$Block); dat$P1=as.factor(dat$P1); dat$P2=as.factor(dat$P2)
   

3. 建模算GCA/SCA

   mod = mmer(产量 ~ Block, random = ~ P1 + P2 + P1:P2, data=dat)
   summary(mod)  # 看方差显著性，显著了再提数值
   gca父本=mod$U$P1; gca母本=mod$U$P2; sca=mod$U$`P1:P2`
   

4. 关键提醒：没显著的话，别报配合力值，论文里会被挑刺。

二、遗传多样性分析（分表型/基因型，挑工具用）

1. 表型数据（株高、穗长这些）→ NTSYS（纯鼠标操作，新手友好）

• 数据整理成 材料×性状 矩阵（行=材料，列=性状），存成TXT/CSV。
• 操作步骤：导入数据 → 算欧式距离 → UPGMA聚类 → 导出树状图，直接插论文。

2. 基因型数据（SSR/SNP标记）→ Tassel（专业，出图快）

• 数据格式：VCF（测序数据）或0/1/2基因型矩阵，先过滤低质量位点（缺失率<5%）。
• 操作步骤：导入质控 → 跑PCA（看群体聚类）→ NJ法建树 → 想做群体结构就导出数据用Admixture。