ggplot如何调整y轴的标志顺序

Question

原代码是：
ggplot(GO,aes(GO_Category,GO_term))+ geom_point(aes(size=Count,color=pvalue,shape=GO_Category, group=GO_Category)) +scale_color_gradient(low="blue",high="red")+labs(color="Pvalue",size="ProteinNumber", shape="GO Category", x="GO Category",y="GO description",title="GO enrichment")+scale_x_discrete(breaks=c("Biological process","Cellular component","Molecular function"),labels= c("Biological\nprocess","Cellular\ncomponent","Molecular\nfunction"))+ theme_bw()
默认的y轴的GO term是按照首字母进行排序的，我需要把y轴的GO term分别按照GO Category集中起来，并最好能按照气泡大小排一下序，请教各位，该如何调整？

Answer 1

以下回答参考 皆我百晓生、券券喵儿 等免费微信小程序相关内容作答，并由本人整理回复。

要调整y轴上的标记顺序，可以使用facet_wrap()函数来根据特定的变量（例如GO_category）分组并创建子图。然后，您可以使用scale_y_discrete()和scale_fill_manual()来定制每个子图的颜色和填充。

以下是调整后的代码：

library(ggplot2)

# 创建数据框
data <- data.frame(
  GO = c(rep(c("small GTPase mediated signal transduction", "ProteinNumber", "response to alkaloid-", "protein glycosylation", "protein ADP-ribosylation", "organic substance metabolic process", "one-carbon metabolic process", "oligosaccharyl transferase activity", "nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network-", "mitochondrial matrix")), 
           rep(NA, 8)),
  pvalue = c(0.04, 0.03, 0.02, 0.01, 0.01, 0.02, 0.03, 0.04, 0.05),
  protein_number = c(10, 20, 30, 40, 50, NA, 60, 70, 80),
  GO_category = c(rep("Biological process", 4), rep("Cellular component", 4), rep("Molecular function", 4))
)

# 绘制图形
ggplot(data, aes(x = GO_category, y = pvalue)) +
  geom_point() +
  scale_color_manual(name = "", values = c("blue", "red")) +
  labs(title = "GO enrichment") +
  facet_wrap(~GO_category, scales = "free_y", ncol = 4) +
  theme_bw()

在这个例子中，我们首先创建了一个包含不同组合的数据框，然后使用geom_point()来绘制点状图。接着，我们使用scale_color_manual()来设置颜色映射为蓝色和红色。最后，我们使用facet_wrap()函数将图形按GO_category分组，并使用theme_bw()来应用基本主题。

请注意，这里的网格布局是通过facet_wrap()函数自动处理的，不需要额外的代码。此外，为了在不同的子图上显示不同的值，我们需要确保pvalue列中的值是相同的。如果您有多个pvalue值并且希望它们在不同子图中具有不同的大小，则可能需要进一步修改代码以适应您的需求。