使用python将分子模拟输出.gro文件

Question

将这部分输出.dump代码改成输出.gro代码，测试可以用vmd导入

Answer 1

望采纳


首先，需要按照GRO文件的格式更改输出的内容。下面是一个示例GRO文件的格式：

System title
3                            # 总原子数
1SOL     OW1   1   1.00000   1.00000   1.00000
1SOL     HW2   2   1.00000   1.00000   1.00000
1SOL     HW3   3   1.00000   1.00000   1.00000
2.828427 1.414213 1.414213   # x, y, z方向的晶格长度（可选）

根据这个格式，可以更新代码如下：

def dump_file(atoms_list, step, box, dumpfile="1.gro"):
    with open(file=dumpfile, mode="a") as f:
        f.write("System title\n")  # 标题
        f.write(f"{len(atoms_list)}   # 总原子数\n")
        for i in range(len(atoms_list)):
            # 每个原子的信息，包括编号、类型、坐标
            f.write(f"1SOL     OW{i + 1}   {i + 1}   {atoms_list[i].r[0]} {atoms_list[i].r[1]} {atoms_list[i].r[2]}\n")
        f.write(f"{box.x_lo} {box.x_hi} {box.u_lo} {box.y_hi} {box.z_lo} {box.z_hi}\n")  # 晶格长度