R进行单细胞数据整合的时候报错

Question

进行单细胞数据整合的时候，想把两个数据整合在一起，结果报错了，求问各位，是什么原因该怎么解决？
脚本：
pbmc.combined <- merge(pbmcA1, y = pbmcA2, add.cell.ids = c("A1", "A2"), project = "A1A2")
pbmc.combined
报错内容：Error in RowMergeMatricesList(mat_list = all.mat, mat_rownames = all.rownames, :
std::bad_alloc

Answer 1

该回答引用ChatGPT
由于R语言的内存有限，报出std::bad_alloc表示内存分配失败，可能是数据太大而导致内存不足，请使用以下方法解决：

调整内存限制。可以通过设置R语言的内存大小来避免这种情况，使用以下命令设置内存：

memory.limit(size = size_in_megabytes * 1024^2)

2、删除不必要的数据。如果两个数据集都很大，可以通过删除部分不必要的数据以减小数据的大小，以解决内存不足的问题。

3、使用其他工具进行数据整合。如果R语言的内存仍然不足，可以考虑使用其他工具，例如：
使用Linux命令行工具进行数据整合。
使用其他编程语言（如Python）进行数据整合。
使用数据库（如MySQL或SQLite）进行数据整合。