这幅db-RDA图是怎么画的？

Question

这幅图是血清代谢组学运用db-RDA的图，标明了对方差贡献度大的几个代谢物。请问这幅db-RDA的图是怎么做的？为什么横纵坐标是CAP1和MDS1？对方差贡献度大的几个代谢物又是怎么标明出来的，是把代谢物设成环境变量吗？还是用PERMANOVA求出来的？但是如果是用PERMANOVA求出来的怎么能在db-RDA图里标注呢？

Answer 1

该回答引用于gpt与OKX安生共同编写：

• 该回答引用于gpt与OKX安生共同编写：

db-RDA（distance-based Redundancy Analysis）是基于距离的冗余分析方法，它在代谢组学研究中常用于分析代谢物数据和环境因子之间的关系。该图显示了通过db-RDA分析得到的CAP1和MDS1坐标下的样本分布情况，其中CAP1和MDS1是通过对距离矩阵进行主坐标分析（PCoA）获得的。

在这幅图中，圆形代表各个样本，颜色表示不同的组别；箭头表示各个环境因子的方向和贡献度大小；分别代表每个代谢物的ID。每个代谢物被视为一个环境变量，并且根据其对样本组别的贡献程度进行排序，然后将前几个代谢物标记在箭头末端的位置上。

具体地，如果您想绘制一个类似的图表，可以按照以下步骤操作：

1. 根据所选代谢物的浓度值计算样本之间的距离矩阵。
2. 对距离矩阵进行主坐标分析（PCoA），获得CAP1和MDS1的坐标。
3. 将代谢物作为环境变量，使用db-RDA方法分析样本和环境因子之间的关系。
4. 根据代谢物对样本组别的贡献程度，选择前几个代谢物进行标记。

希望这些信息能够帮助您理解这幅图的绘制过程。