问题：如何利用细菌RNAseq数据进行转录起始位点（TSS）分析
已完成的分析：
1.在NCBI上找到一个E.coli的rnaseq数据raw data
2.经过trimmed，质控（fastqc）,然后用bowtie2将reads 比对到了基因组上，
3.用samtools将sam文件转为bam文件。
我在网上搜到:
比对后进行gene annotation correction,然后TSS鉴定（根据基因组上的Reads coverage来鉴定转录起始位点。）
但没有具体的操作方法。。
请问，已经完成reads比对，要进行TSS鉴定，从而进行启动子序列分析，那接下来的具体分析方法或步骤是什么？
