个人理解，请参考采纳。
文件夹是个逻辑意义，就是个根节点，只是充当一个层次关系的描述。
文件也是个逻辑描述，但文件内容确是实体，实际存在于硬盘上，加密是对这些硬盘上的字节集或者块来讲的。
好比你属于csdn,csdn是个文件夹，它只是描述了你和它之间的层次关系或者隶属关系。
你是实体。
所以加密一定是针对文件的。
（1）KeyGenerator类用于获得各类对称加密技术的密钥，主要的方法有：
getlnstance(“加密算法字符串”)，用于设置要获得的密钥的加密算法
init（），用于初始化对称加密的密钥对象
generateKey（），从对称加密的密钥对象中取得密钥
（2）KeyPairGenerator类用于获得非对称加密技术的密匙，主要的方法有：
getlnstance(“非对称加密算法字符串”)，用于设置要获得的密钥的加密算法
initialize(密钥长度)，用于初始化非对称加密的密钥对象
generateKeyPair（），返回非对称密钥组对象
getPublic（），从非对称密钥组中取得公钥
geLPrivate（），从非对称密钥组中用于取得私钥
（3）Cipher类是JAVA加密的主要类，用于按一定的算法对数据文件进行加密、解密、包装和返包装。主要的方法有：
getInstance(“加密算法字符串”)，用于设置要使用的加密算法
Init(“类型”，密匙)，按提供的类型和密匙初始化加密对象
getBLockSize（），用于返回加密算法的输入分组长度
getOutputSize（），用于返回加密算法的输出分组长度
update(inBytes,blockSize，outBytes)，对inBytes进行加密或解密处理，并将处理结果输出到outBytes中
doFinal（），对要不足分组长度的数据进行填充处理
