在java中使用ffmpeg的问题

Question

        我要实现的是微信公众号网页中用户可以把手机录的视频上传到服务器，目前存在的问题是ios的mov格式视频在安卓手机端无法通过video标签播放。
        于是我在网上找到可以通过java调用ffmpeg.exe实现转码的方法，但是由于对ffmpeg不熟悉，故而有一些问题不太明白。
        1、html5上传文件可以通过二进制流来上传，数据到服务器后写成文件。然而ffmpeg肯定也是需要读取文件然后解码、再编码.....，那么我可以直接调用ffmpeg来接收html5上传过来的二进制流，然后转码吗？
        2、有其他的网页插件或者方式来实现手机浏览器播放mov和MP4格式的视频吗？除了flash。