C语言构建多文件程序,命令行

大多数编译器允许一步构建程序,例如,对于GCC来说,可以使用下列命令行来构建justify程序:
gcc -o justify justify .c line.c word.c
这个命令行,我从一开始就没看懂,是跳过去学的后面。现在又在后面的章节中反复出现。请问,这些是需要手动输入吗?在哪里输入?写源程序的时候输入?还是运行了exe之后的黑框里输入?如果是后者的话,我的程序怎么分辨它是命令行还是程序内的输入(例如:假设我的程序有对scanf()的调用的话)?

c gcc
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