转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

Question

转录组上游分析（Linux）之定量比对Hisat2出现内部异常错误，不知道哪里错了？
如图下：

数据用的是trim_galore进行数据过滤的，Hisat2已经构建好索引，1/2指定路径准确，fq.gz文件完整，改SRR1039508根据SRA数据库得知为双端测序，但是一直是这样的错误，不知道怎么回事

另外，我用了fastp进行数据过滤，也得到同样的bug，所以不是数据过滤的问题
同时我把-1和-2的$变量目录改成绝对目录，也是不行，还是同样bug
难道是索引问题？还是Hisat2版本识别不了的问题？
请大家帮忙看一下，是哪里出错了，谢谢大家！

Answer 1

下面为上图的红圈error信息：

Extra parameter(s) specified: "/home/vip6/database/genome/Ensembl/Homo_sapiens/GRCh38_release104/Homo_sapiens.GRCh38_release104.genome"

Note that if <mates> files are specified using -1/-2, a <singles> file cannot

also be specified.  Please run HISAT2 separately for mates and singles.

Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)

Command: /home/vip6/miniconda3/envs/rna/bin/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 3 -S /home/vip6/project/human-64-Asthma-Trans/Mapping/Hisat//SRR1039508.Hisat_aln.sam --read-lengths 63,60,59,62,58,57,61,56,51,55,49,54,44,40,52,43,53,50,47,45,39,46,42,37,48,41,38 -1 /tmp/2597247.inpipe1 -2 /tmp/2597247.inpipe2 ?-x ?/home/vip6/database/genome/Ensembl/Homo_sapiens/GRCh38_release104/Homo_sapiens.GRCh38_release104.genome

(ERR): hisat2-align exited with value 1