如何用 Linux 命令从 NCBI 和 Ensembl 这两大数据库中下载 GRCh38 最新版本数据文件
如何用 Linux 命令从 NCBI 和 Ensembl 中下载数据文件
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关注先到这两个网站找到下载链接 ,然后 wget 链接 即可下载该链接的文件到当前目录,比如
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE193nnn/GSE193402/soft/GSE193402_family.soft.gz至于要怎么找最新,这是你专业上的事
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- 2022-03-05 19:19回答 3 已采纳 将test.xml文件放在xml-info.py的同一目录下，运行如下代码即可： import argparse from lxml import etree parser=argparse.Argu
- 2022-02-17 13:05回答 2 已采纳 这个问题就不好回复了，要看你使用的工具最后用在什么环境。
- 2022-02-19 19:37回答 1 已采纳 你可以试试使用res = json.dumps(response.text)，将python数据类型str转化为json格式（虽然在python中也是字符串），但是会将\n显示出来，而不是在文件中变成
- 2021-05-18 11:45hyena_7的博客 目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。 目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed, PubMed Central, and GenBank等。网址： ...
- 2022-12-24 22:13回答 3 已采纳 1、警告信息 "Unable to find gene identifier for a feature" 表示 Subread 在处理 GTF 文件时无法找到 gene_id 属性，也就是说你使用的
- 2014-06-04 14:43回答 1 已采纳 If you are going to extract text from XML, the best option is to use an XML parser, such as a DOM
- 2013-04-10 22:14回答 1 已采纳 The feed URL for the search isn't contained on the page. Clicking 'Create RSS' makes a call to the
- 2020-03-08 16:38zd200572的博客 最近需要下载千人基因组计划中的中国人数据作为参考，于是学习了下几个下载方法。发现还是有几个小技巧值得分享的，就记录分享一下！我找到的主要方法有两三个，分别是通过网页下载，API批量下载和ftp批量下载。 1....
- 2023-02-11 13:21回答 1 已采纳 以下答案引用自GPT-3大模型,请合理使用：1.使用GEO数据库时，如果文献末尾没有出现GEO2R就意味着使用的是R语言。2.数据类型可以通过文献中的定义来判断。一般情况下，除了rna-seq数据外，
- 2023-02-24 11:31回答 8 已采纳 选择a标签的时候错误了，应该是 title_tags = tag.select('a')，这样选择每一个a标签，因为 article_tags = soup.select('.docsum-cont
- 2022-11-17 20:54回答 2 已采纳 找到一份他人获取样本的网站网址，不知是否适合你？查看样本列表：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP115453【不过已经注明，只可以看到该数据集共有182
- 2022-11-09 11:12KELIMEIKE的博客 Linux服务器上安装可变剪切分析软件rMATS
- 2023-01-29 11:46回答 5 已采纳 根据您的问题描述，要分析甲型流感病毒的氨基酸分子进化树，那你首先要下载甲型流感病毒的相关数据下来，确保自己电脑上安装了MLGA分析工具，然后使用mlga工具进行分析。然后通过bootstrap法进行检
- 2021-03-16 12:35Bioinfo Guy的博客 本机处理器两核心两线程（多核心多线程在比对时占优），操作系统是Linux，发行版是deepin20.1社区版
- 2020-09-24 07:00刘永鑫Adam的博客 本文主要介绍FastQC、MultiQC、KneadData（涵盖并调用Trimmomatic + Bowtie 2）等软件组合分析流程的安装、使用方法和结果解读，实现数据质量评估、质量控制和去宿主污染、质量再评估的分析过程，同时对各步骤常见...
- 2024-03-12 01:28Luminosite Eternelle的博客 3.bowtie2-build 是用来建立索引的命令，/home/lumino/TEST1/TEST1.1/tair10.fa 是你的基因组 FASTA 文件的路径，tair10 是你希望为索引文件使用的前缀。综上所述，从提供的数据来看，这些数据的质量在映射率和读取...
- 2021-03-25 13:04今天也是个妖精头子呀的博客 （1）从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据，至少要求给出如下信息： 该套数据所发表的文章的名字： 该套数据的下载网址： 该套数据基本情况介绍（简介以及该套数据包含多少个样本，分为多少种...
- 2023-07-03 13:19crewkickse的博客 fastqer-dump获得双端fastq文件后。
- 2023-12-20 15:48陈年小趴菜的博客 下载blast# 解压blast压缩包# 测试这里就代表安装成功了，但是执行命令就有点麻烦需要用全路径的blastp运行，如果想直接用blastp还需要安装另一个插件：这样安装成功之后才可以使用blastp命令。
- 2022-03-03 21:58桓峰基因的博客 数据读取 数据的读取我们仍然使用的是 TCGA-COAD 的数据集，表达数据的读取以及临床信息分组的获得我们上期已经提过，我们使用的是edgeR 软件包计算出来的差异表达结果，提取上调基因 2832 的 ENSEMBL 号， #######...
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1月22日
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