问题遇到的现象和发生背景
Biopython读取进化树的newick文件,怎么将tip label 输出以列表形式输出
问题相关代码,请勿粘贴截图
from Bio import Phylo
tree = Phylo.read(‘1.nwk', 'newick')
print(tree)
运行结果及报错内容
Phylogeny(rooted=False)
Clade()
Clade(branch_length=0.41207, name='CHEK2')
Clade(branch_length=0.19836)
Clade(branch_length=0.24112)
Clade(branch_length=0.03145)
Clade(branch_length=0.11628, name='ARRB1')
Clade(branch_length=0.11628, name='ARR3')
Clade(branch_length=0.14773)
Clade(branch_length=0.0, name='SAG')
Clade(branch_length=0.0, name='SAG1')
Clade(branch_length=0.14369)
Clade(branch_length=0.08294)
Clade(branch_length=0.13077, name='CLASP1')
Clade(branch_length=0.13077)
Clade(branch_length=0.0, name='CLASP2')
Clade(branch_length=0.0, name='F11R')
Clade(branch_length=0.21371, name='DDC')
我的解答思路和尝试过的方法
我试过用tree.name()输出,但是显示'NoneType' object is not callable’
我想要达到的结果
我想要将CHEK2,ARRB1等基因名以列表的形式单独输出。
请问有人知道怎么实现吗?