问题遇到的现象和发生背景
采用Ubuntu20.04运行VASP做计算,所有任务mpirun -np 提交都能正常运行,为了方便想使用PBS排队系统,出现如下问题:
PBS排队系统安装测试都正常,但运行稍微大一点的任务就会报错。以下是我的PBS提交任务文件
#!/bin/bash
#PBS -N vasp
#PBS -q batch
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -l mem=30G
#PBS -V
cd $PBS_O_WORKDIR
source /home/zy/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=$PATH:/home/zy/Documents/vasp.5.4.4/bin
mpirun -np 8 vasp >output
运行结果及报错内容
报错内容可能是堆栈问题
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= RANK 0 PID 118214 RUNNING AT zy-X99
= KILLED BY SIGNAL: 9 (Killed)
我的解答思路和尝试过的方法
这些任务我如果直接用 mpirun -np 提交都能正常计算,但用PBS提交就会报错。个人猜测是PBS配置文件需要设置堆栈大小,类似ulimit -s unlimited的功能。希望能得到各位指点,不胜感激!