R语言使用maftools包,里面有个函数叫lollipopPlot,可以画氨基酸变化的位置。但是遇到了一个问题,为什么错义的氨基酸改变maftools识别不了?
用trackviewer画的话感觉功能没有maftools强大,还需要自己手动添加各种参数,麻烦了点。
所以,有人知道怎么解决maftools错义氨基酸识别不了的问题吗?
maftools画棒棒糖图识别不了错义突变
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- 快撑死的鱼 2023-02-07 16:52关注
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你可以尝试修改 maftools 包中的 lollipopPlot 函数,将“错义突变”标记到棒棒糖图中,或者使用 trackviewer 的“色彩”功能,来区分正常氨基酸和错义突变的位置。另外,你也可以把基因突变分开,例如,在 maftools 中,用一个独立的函数来分别画出正常氨基酸变化和错义突变的棒棒糖图。
另外,你也可以尝试使用 Pandas 这样的数据分析工具来更好地解决该问题。Pandas 可以帮助你更轻松地对基因数据进行处理,从而更好地展示出错义突变和正常氨基酸变化之间的区别。
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