下载WGCNA时出现报错

Question

使用R语言下载WGCNA时出现报错：package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包。
使用BiocManager::install("GO.db")无法下载。具体如图。
遇到这种情况时如何顺利下载WGCNA？

Answer 1

参考GPT和自己的思路：在使用BiocManager::install("GO.db")下载GO.db程辑包的过程中，出现了无法连接到bioconductor的报错。有几种可能的解决方法：

1 更换下载源：由于无法连接到默认的bioconductor源，可以尝试更换其他源，例如：

BiocManager::install("GO.db", 
                      repos = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

或者

BiocManager::install("GO.db", 
                      repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")

这些源可能能够正常下载程辑包。

2 手动下载并安装程辑包：如果无法使用R来下载程辑包，可以尝试手动下载并安装。可以到Bioconductor网站的Package页面找到需要的程辑包，下载对应的.tar.gz文件，然后在R中使用install.packages()命令安装：

install.packages("path/to/GO.db.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

其中，path/to/GO.db.tar.gz是你下载的程辑包的路径。

3 检查网络连接和权限：如果以上方法都无法解决问题，可能是网络连接的问题，可以尝试检查网络是否正常。另外，如果是在受限制的用户环境下（例如在公司或学校的计算机上），可能需要获取管理员权限才能下载和安装程辑包。