R语言 计算raw_count.txt文件中每一个样本中最高表达的10个基因，并保存为数据框

Question

计算raw_count.txt文件中每一个样本中最高表达的10个基因，并保存为数据框

Answer 1

可以使用以下代码实现：

# 读取raw_count.txt文件
raw_count <- read.table("raw_count.txt", header = TRUE, row.names = 1)
# 计算每个样本最高的10个基因
top_genes <- t(apply(raw_count, 1, function(x) names(x[order(x, decreasing = TRUE)][1:10])))
# 将结果保存为数据框
top_genes_df <- as.data.frame(top_genes)
colnames(top_genes_df) <- paste0("Top ", 1:10)

代码解释：

1. 使用read.table函数读取raw_count.txt文件，要求文件中包含列名，且第一列为基因名。

2. 使用apply函数对数据框进行行遍历。对每一行进行处理时，先将行向量按从大到小的顺序进行排序，然后使用names函数获取排序后的基因名，再从中选取前10个基因名作为这个样本的最高表达基因。

3. 因为要保存结果为数据框，所以需要将最高表达基因的矩阵转置，并使用as.data.frame函数将其转换为数据框。因为每个最高表达基因的列名需要区分开来，所以使用paste0函数生成列名。

运行以上代码后，可以得到一个名为top_genes_d的数据框，其中每一行对应原数据中的一个样本，每列对应该样本的最高表达基因中的第n个，n从1到10。