3dslicer勾画的nrrd标签文件有没有办法转换为json文件

Question

需要训练maskRCNN分割肿瘤，训练要用到labelme勾画和导出的json标签文件，但我想用3dslicer勾画，3dslicer的标签文件是nrrd格式。尝试过直接nrrd→jpg→json格式转换，但是转换后用labelme程序打开会报错，提示json文件有问题。

有没有办法把3dslicer导出的nrrd标签文件转换为这种json文件呢😭🥬

Answer 1

【以下回答由 GPT 生成】

3D Slicer是一个强大的医学图像处理软件，但它没有直接支持将NRRD标签文件转换为JSON文件的功能。但是，你可以使用Python编写一个脚本来实现这个功能。下面是一个可能的解决方案：

步骤1: 安装必要的Python库 首先，你需要安装一些Python库来处理NRRD文件和生成JSON文件。你可以使用以下命令来安装它们:

pip install pynrrd
pip install numpy
pip install json

步骤2: 加载NRRD文件并转换为JSON 下面是一个示例代码片段，演示了如何加载NRRD文件并将其转换为JSON格式:

import numpy as np
import json
import nrrd

# 加载NRRD文件
data, header = nrrd.read('input.nrrd')

# 创建用于存储标签的字典
labels_dict = {}

# 遍历所有唯一的标签值
unique_labels = np.unique(data)
for label in unique_labels:
    # 获取标签的坐标
    coordinates = np.argwhere(data == label).tolist()

    # 将坐标添加到标签字典中
    labels_dict[str(label)] = coordinates

# 将标签字典转换为JSON并保存到文件
with open('output.json', 'w') as f:
    json.dump(labels_dict, f)

请将代码中的'input.nrrd'替换为你的NRRD文件的路径和文件名，并将'output.json'替换为你想要保存的JSON文件的路径和文件名。

步骤3: 验证生成的JSON文件 最后，你可以使用labelme程序验证生成的JSON文件是否符合要求。确保你已正确安装labelme，并使用以下命令打开生成的JSON文件:

labelme output.json

如果一切顺利，你应该能够在labelme中看到正确的标记和图像。

以上是一种将3dslicer导出的NRRD标签文件转换为标准JSON文件的方法。希望对你有所帮助！如果你有任何其他问题，请随时提问。

如果你已经解决了该问题, 非常希望你能够分享一下解决方案, 写成博客, 将相关链接放在评论区, 以帮助更多的人 ^-^