R语言之WGCNA报错

Question

R语言之WGCNA报错
运行以下代码时出现报错

显示为“在所需数量的样品中，有效表达水平的基因太少。”
而我认真查阅exprs_anno和WGCNA矩阵，并没有发现有缺失值

请问可能哪些地方出问题了？望不吝赐教，不胜感激

Answer 1

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答：
这个报错提示是因为在WGCNA分析中，基因的有效表达水平太少，导致无法进行后续的计算和分析。

可能的原因包括：

1. 数据预处理问题：在进行WGCNA之前，通常需要对原始数据进行一些预处理，例如去除低表达基因、标准化等。你可以检查一下你的数据预处理步骤是否正确，并确保没有遗漏任何步骤。

2. 数据质量问题：WGCNA对数据的质量要求较高，如果数据存在异常值、噪音或者其他问题，可能会导致分析失败。你可以检查一下你的数据是否存在异常情况，并尝试进行一些数据清洗或者过滤的操作。

3. 数据量问题：WGCNA对于样本数量和基因数量都有一定的要求。如果你的数据量较小，可能会导致分析失败。你可以尝试增加样本数量或者基因数量，看看是否能够解决问题。

4. 参数设置问题：WGCNA有一些参数需要设置，例如选择合适的软阈值、模块划分方法等。你可以检查一下你的参数设置是否合理，并尝试调整参数来解决问题。

如果以上方法都无法解决问题，建议提供更详细的错误信息或者尝试使用其他工具或方法来进行基因表达数据的分析。