Ethanlys 2023-09-06 11:18 采纳率: 69.2%
浏览 9
已结题

WGCNA疑问及结果解读

WGCNA分析时只选择自己感兴趣的组别（对照和实验组），剔除其他组，这样会影响结果吗？分析获得以下结果时，正常吗？

img

  • 写回答

1条回答 默认 最新

  • Bioinfo Guy R语言领域新星创作者 2023-09-06 16:52
    关注

    正常，但是需要在输入的矩阵也把其他组的样本剔除

    本回答被题主选为最佳回答 , 对您是否有帮助呢?
    评论

报告相同问题？

  • 下载WGCNA时出现报错 r语言
    2023-03-15 05:24
    回答 5 已采纳 参考GPT和自己的思路：在使用BiocManager::install("GO.db")下载GO.db程辑包的过程中，出现了无法连接到bioconductor的报错。有几种可能的解决方法： 1 更换
  • 关于#r语言#的问题：想用r做wgcna分析，如果通过更改minmodulesize和mergecutheight得到更少的基因模块 r语言
    2023-03-03 17:36
    回答 1 已采纳 “Devil组”引证GPT后的撰写： 在进行WGCNA分析时，确实可以通过更改参数minModuleSize和mergeCutHeight来调整分析结果中的模块数量，但是需要注意的是，这样可能会影响分
  • TBtools-WGCNA shiny插件-表型数据准备问题 github windows
    2023-03-15 10:26
    回答 1 已采纳 显示na说明数据不可用，看看报错信息呢
  • [R语言] WGCNA入门教程
    2020-01-10 14:28
    落痕的寒假的博客 文章目录wgcna入门-雌性小鼠肝脏表达数据的网络分析：寻找与体重有关的模块1 数据输入和清洗1.1 加载基因表达数据1.2 数据清洗1.3 加载临床特征数据2 建设表达网络与模块检测2.1 自动一步构建网络与模块检测2.1.1 软...
  • 运行WGCNA代码时出现Error in merge$colors : object of type 'closure' is not subsettable r语言
    2023-03-28 13:48
    回答 4 已采纳 直接的错误信息是说merge$colors那里，这个是封闭类型的数据，不能进行子集操作。说白了就是调用方式不对，请检查下你的变量名或函数名有没有写错，比如你的merge$colors这个变量哪里来的，
  • 跑WGCNA时blockwiseModules函数报错 linux 问答团队
    2022-12-29 17:42
    回答 2 已采纳 这个错误是在使用WGCNA中的blockwiseModules函数时发生的。这个函数是用来计算基因组聚类的模块的。 在遇到这个错误之前，可能已经通过调用WGCNA中的其他函数来建立了基因相似性矩阵或基
  • 用R语言做WGCNA分析全步骤一（附代码解读）【转载】
    2022-04-09 00:11
    新客草草的博客 代码逐句分析一、文章来源二、基因共表达网络构建及模块识别1.数据导入、清洗及预处理2.检查过度缺失值和离群样本3.聚类做离群样本检测4.载入临床特征数据三、自动构建网络及识别模块1.确定合适的软阈值：网络拓扑...
  • WGCNA_1.67.zip
    2020-06-02 17:30
    WGCNA，全称为Weighted Gene Co-expression Network Analysis，是R语言中一个强大的工具包，专门用于构建和分析基因共表达网络。这个软件包的核心理念是通过识别在不同条件下共同表达的基因群，来揭示基因之间的相互...
  • 用R语言做WGCNA分析全步骤二（附代码解读）【转载】
    2022-04-11 20:54
    新客草草的博客 初学WGCNA，觉得博主的代码写的很不错，但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解，后查阅了很多资料，终于看明白了，于是写了一篇笔记，记录自己的学习心得，有不准确的地方，还望各位大佬们不吝赐教~ ...
  • R 语言 4.2.2安装 WGCNA
    2023-01-08 23:07
    LiQiang33的博客 R-4.2.2 安装 WGCNA
  • WGCNA-1.72-5
    2024-02-21 21:29
    **WGCNA-1.72-5：深入理解R语言中的基因共表达网络分析** 在生物信息学领域，基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis，简称WGCNA）是一种强大的工具，用于识别基因之间的相关性模式，...
  • WGCNA 分析 —— 安装及概念介绍、简单应用及总结
    2020-10-30 15:49
    Lyrelion的博客 0.WGCNA安装 WGCNA安装地址（国外）：https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/ WGCNA安装前提：需要安装 R和 Rstudio WGCNA安装命令（在 Rstudio 中输入命令，从 CRAN 自动...
  • r语言 svycoxph_生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读
    2020-12-21 04:41
    weixin_39927993的博客 R语言中的Cox模型分析单变量Cox回归library("survival")library("survminer")res.cox res.cox summary(res.cox)summary的结果：Call:coxph(formula = Surv(time, status) ~ sex, data = lung)n= 228, number of ...
  • 用R语言做WGCNA分析全步骤
    2022-04-04 16:57
    新客草草的博客 加权基因共表达网络构建安装WGCNA包准备基因表达矩阵离群样本检测 安装WGCNA包 首先最好下载R4.1.3版本，然后按照这位博主的的方法安装好WGCNA包：WGCNA包安装 当你输入library(WGCNA)没有提示错误时，说明安装成功 ...
  • 生信分析论文套路R语言代码
    2022-12-05 20:10
    差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等维度的相关R语言代码
  • R语言绘制动态网络图Network教程WGCNA
    2024-04-22 19:50
    生信分析笔记的博客 在此基础上，我们还可以添加一些额外的信息，比如按照不同的分组将节点赋予不同...首先，加载R包和数据，所用到的数据是WGCNA分析得到的输出网络文件，格式是Cytoscape的输入格式，本文的示例数据已上传，留言区回复。
  • FemaleLiver-Data_WGCNA_
    2021-09-29 16:40
    利用该文档可以直接对WGCNA官方网站的教程数据进行分析，非常的方便快捷。
  • WGCNA_Rscript.txt
    2021-05-05 12:38
    WGCNA（加权基因共表达网络分析）R语言代码脚本
  • WGCNA安装包
    2015-07-09 17:03
    这个方法基于R语言环境，可以帮助研究人员识别基因之间的相互作用模式，从而揭示生物系统内的复杂关系。本文将详细介绍如何在Linux系统的CentOS 6.4上安装R包WGCNA。 首先，确保你的系统已经安装了R环境。在CentOS ...
  • WGCNA分析，单细胞组学（TCGA）R语言实践全流程
    2023-05-12 17:02
    wuhu木木大王的博客 WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析。R语言实践全流程。
  • 没有解决我的问题, 去提问

问题事件

  • 系统已结题 9月14日
  • 已采纳回答 9月6日
  • 创建了问题 9月6日

悬赏问题

  • ¥15 isolar-AB软件安装后打开出错
  • ¥15 如何让usb软件在电脑拔插无记录
  • ¥15 ecology9的待办推送外部系统
  • ¥15 Mplus跑出来的数据只有原数据的一半
  • ¥15 vue项目添加全局处理解决一些开发问题
  • ¥40 微信小程序前后端交互
  • ¥50 数据预处理（大量数据）
  • ¥15 多设备数据融合可视化显示控制
  • ¥15 公众号关键词自动回复超链接
  • ¥18 help me！ 希望大家来看看 吉~