Cox回归模型Nomogram图制作报错

Question

采用R-4.3.1中rms包进行Cox回归模型Nomogram图制作，代码如下：

library(rms)
library(survival)
mydata <- read.csv("Cohort2.csv",head=T)
View(mydata)
mydata$Age_50 <- as.factor(mydata$Age_50)
mydata$Pathology <- as.factor(mydata$Pathology)
mydata$Grade <- as.factor(mydata$Grade)
mydata$ALN_No <- as.factor(mydata$ALN_No)
mydata$pT <- as.factor(mydata$pT)
mydata$ER_50 <- as.factor(mydata$ER_50)
mydata$PR_20 <- as.factor(mydata$PR_20)
mydata$CerbB2_2 <- as.factor(mydata$CerbB2_2)
mydata$BreSx <- as.factor(mydata$BreSx)
mydata$ALNSx <- as.factor(mydata$ALNSx)
mydata$ChT <- as.factor(mydata$ChT)
mydata$RT <- as.factor(mydata$RT)
dd <- datadist(mydata)
options(datadist = "dd")
fit <- cph(Surv(iDFS_FU,iDFS)~Age_50+Pathology+pT+ALN_No+Grade+ER_50+PR_20+CerbB2_2+ChT+RT, 
           data = mydata,
           x = T,
           y = T,
           surv = T,
           time.inc = 12)
cox.zph(fit)
fit
surv <- Survival(fit)
surv1 <- function(x)surv(12*1,lp=x)
surv2 <- function(x)surv(12*3,lp=x)
surv3 <- function(x)surv(12*5,lp=x)
Nomo1 <- nomogram(fit,
                  fun=list(surv1,surv2,surv3),
                  lp=F,
                  funlabel = c('1-year survival rate','3-year survival rate','5-year survival rate'),
                  maxscale = 100,
                  fun.at = c('0.9','0.85','0.8','0.7','0.6','0.5','0.4','0.3','0.2','0.1')
                  )
tiff(filename = "Nomogram.tif",width = 900,height = 600,res = 300)
plot(Nomo1, xfrac = 0.35)
dev.off()

运行结果报错如图1，得到的图如图2，没有风险预测值，求帮助

Answer 1

援引文心一言：
从你的描述和代码中看，你正在使用R语言的rms包来做Cox回归模型并生成Nomogram图。但在你的描述中，你没有提供具体的错误消息，所以我不能直接确定问题的具体原因。然而，我可以根据你的描述提供一些可能的解决方案：

错误的结果：你的Nomogram图没有显示风险预测值。这可能是因为你的Cox回归模型没有正确建立，或者你的Nomogram图没有正确生成。请确认你的模型fit是否正确，你可以通过summary(fit)查看模型的摘要以确认模型的正确性。此外，你应该检查Nomogram函数的输入是否正确。

Nomogram函数的使用：在Rms包中，Nomogram函数的使用方法可能与你所给的例子有些许不同。你应该使用surv对象而不是fit对象来生成Nomogram。试试看这个：

r
surv.obj <- Surv(fit$time, fit$status)
Nomo1 <- nomogram(surv.obj, fun=list(surv1,surv2,surv3), lp=F, funlabel = c('1-year survival rate','3-year survival rate','5-year survival rate'), maxscale = 100, fun.at = c('0.9','0.85','0.8','0.7','0.6','0.5','0.4','0.3','0.2','0.1'))
tiff(filename = "Nomogram.tif",width = 900,height = 600,res = 300)
plot(Nomo1, xfrac = 0.35)
dev.off()
数据的问题：你的数据可能存在一些问题，例如某些变量具有太多缺失值，或者某些分类变量的类别太多或太少。你可以通过检查数据的统计信息或做数据清理来排除这个问题。
版本问题：你使用的R的版本可能也有些问题。如果有新版本的R，那么可能有更新的rms包版本，这可能解决你的问题。
希望这些建议对你有所帮助。如果你还有其他问题或更具体的错误消息，请提供更多的信息以便我能提供更具体的帮助。