lammps密度的输出

Question

怎么在下面的代码中，补充让它也输出熔化过程时原子密度，现在是输出了步数，温度，势能动能压力等，我想加上一个密度。谢谢。

#初始模拟系统设置
units                         metal
boundary                      p p p
atom_style                    atomic
neighbor                  2  bin
timestep                      0.001
 
#读取data
read_data                  final.lmp
 
#设置原子摩尔质量
 
mass          1 55.845    #Fe
mass          2 52         #Cr
mass          3 58.69    #Ni
mass          4 55.845    #Fe
mass          5 54.938    #Mn
mass          6 58.93    #Co
mass          7 52         #Cr
 
 
pair_style     meam/c
pair_coeff     * * library.meam  Co Ni Cr Fe Mn CoNiCrFeMn.meam Fe Cr Ni Fe Mn Co Cr
 
 
 
#热力学输出
thermo        100
thermo_style    custom step temp pe ke press
#能量最小化
dump        1 all atom 10 mini.xyz
min_style cg
minimize        1e-15 1e-15 10000 10000
undump            1
reset_timestep        0
 
 
#温度初始化
velocity                   all create 300 88989
 
 
#nvt系综下驰豫
dump                     1 all custom 10000  r.xyz id type x y z
fix                        1 all npt temp 300 300 0.1 x 0 0 1 y 0 0 1
run                       5000
undump                     1
unfix                      1
reset_timestep             0
write_data           r.lmp
 
dump                     1 all custom 10000 melt.xyz id type x y z
fix                        1 all nvt temp 300 3000 0.1
run                       300000
undump                     1
unfix                     1
reset_timestep           0
write_data           melt.lmp

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

在LAMMPS中，要输出原子密度，你需要添加一个计算原子数密度的指令和将其加入到thermo_style自定义输出中。以下是修改后的代码：

# ... 上面的设置保持不变 ...

# 计算并输出密度（假设模拟盒子是立方体）
compute 1 all density

# 热力学输出，增加密度至thermo_style custom
thermo_style    custom step temp pe ke press density

# ... 下面的模拟过程保持不变 ...

# 在nvt驰豫阶段之前添加计算密度的指令
dump        1 all atom 10000 r.xyz id type x y z density
# ... 下面的nvt驰豫阶段以及后续的熔化过程保持不变 ...

这段代码首先创建了一个名为1的计算对象来计算整个系统的密度(compute 1 all density)。然后，在thermo_style custom设置中加入了density关键字以输出每步的密度信息。

注意：在LAMMPS中，density计算默认基于系统总体积和总粒子数，因此对于非等温非体积变化的模拟（如NVT），密度通常是个恒定值。若模拟中有体积变化（例如使用了NPT ensemble），则密度会随时间变化。

另外，在dump命令行中，我添加了density以便在dump文件中记录每个时间步的密度信息。但请注意，LAMMPS的标准dump格式不直接支持density属性的输出，这里假设的是用户希望在dump文件中通过其他方式间接获取密度数据（例如通过已知体积和总粒子数）。如果确实需要在dump文件中直接显示密度，则可能需要编写自定义输出脚本或后处理程序。