pymol；金属离子结合位点绘制

Question

尊敬的各位科研人员们，想请教一下pymol怎么绘制预测的金属离子结合位点，用的蛋白的三级结构是同源建模构建的，PDB数据库没有，不知道怎么添加金属原子，想画的图长下面那样，感谢大家的回答。

Answer 1

让阿豪来帮你解答，本回答参考chatgpt3.5编写提供，如果还有疑问可以评论或留言

问题解答：

1. 首先，需要获取金属离子的坐标参数，可以根据蛋白质的序列信息和重要残基的位置信息进行预测，或者从其他实验数据中直接获取。
2. 在pymol中，可以通过load命令或者fetch命令读取蛋白质的结构文件，同时也可以使用alter命令修改原子坐标。比如，可以使用以下代码将一个锌原子添加到残基编号为10的位置：

load example.pdb
alter (resi 10 and name zn), symbol='ZN'
alter (resi 10 and name zn), chain='A'
alter (resi 10 and name zn), segi=' '
alter (resi 10 and name zn), b=1.0 # 设置原子的B因子

1. 绘制金属结合位点可以使用show命令或者select命令。比如，可以使用以下代码高亮显示所有与锌原子相邻的残基：

show sticks, (nbr of (resi 10 and name zn))

1. 最后，可以使用png命令或者ray命令将绘制好的图像保存下来。比如，可以使用以下代码将图像保存成PNG格式：

png example.png

示例代码：

load example.pdb
alter (resi 10 and name zn), symbol='ZN'
alter (resi 10 and name zn), chain='A'
alter (resi 10 and name zn), segi=' '
alter (resi 10 and name zn), b=1.0
show sticks, (nbr of (resi 10 and name zn))
png example.png