Linux终端中，怎么从168个ONT原始数据fastq-pass.gz文件中提取N50≥100kb的ONT reads？

Question

Linux终端中，怎么从168个ONT原始数据fastq-pass.gz文件中提取N50≥100kb的ONT reads？

求指点，非常感谢！

Answer 1

梦里້໌ᮨ 晚上好🌙🌙🌙
本答案参考ChatGPT-3.5

在Linux终端中，你可以使用以下步骤来提取N50≥100kb的ONT reads：

1. 解压缩fastq-pass.gz文件：首先，使用gzip命令解压缩fastq-pass.gz文件，将其转换为fastq-pass文件。命令如下：

gzip -d fastq-pass.gz

1. 计算ONT reads的长度：使用awk命令从fastq-pass文件中提取每个ONT reads的长度，并按照从大到小的顺序进行排序。命令如下：

awk 'NR%4==2 {print length($0)}' fastq-pass | sort -n -r > read_lengths.txt

1. 计算N50值：根据ONT reads的长度数据，计算N50值。N50表示将所有ONT reads按照长度从大到小排序后，将它们累加起来，直到总长度达到所有ONT reads总长度的一半，此时累加的最后一个ONT read的长度即为N50值。你可以使用以下Python代码进行计算：

import numpy as np

with open("read_lengths.txt", "r") as file:
    read_lengths = [int(line.strip()) for line in file]

total_length = sum(read_lengths)
half_length = total_length / 2
cumulative_length = 0

for length in sorted(read_lengths, reverse=True):
    cumulative_length += length
    if cumulative_length >= half_length:
        n50 = length
        break

print("N50: {} kb".format(n50 / 1000))

将上述代码保存为n50_calculation.py，并在终端中运行：

python n50_calculation.py

1. 提取N50≥100kb的ONT reads：根据计算得到的N50值，从fastq-pass文件中提取N50≥100kb的ONT reads。你可以使用以下awk命令来完成：

awk -v n50=100000 'BEGIN{ORS="\n\n"} {seq=$0; getline; getline; qual=$0; getline} length(seq) >= n50 {print "@"NR/4 "\n" seq "\n" "+" "\n" qual}' fastq-pass > filtered_reads.fastq

最终，你将会得到一个名为filtered_reads.fastq的文件，其中包含N50≥100kb的ONT reads。

请注意，上述的命令和代码是基于前提条件，即fastq-pass文件是符合标准的FASTQ格式的，并且每个ONT read都以四行的格式进行存储。如果你的数据不符合这些条件，需要相应地进行修改。