创建初始化HMM参数文件，并进行训练

Question

#创建初始化HMM参数文件，并进行训练
/home/test2/miniconda3/envs/Augustus/bin/new_species.pl --species=generic
出现如图情况怎么解决

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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您好！根据您提供的信息和搜索结果，看起来您在尝试使用Augustus软件包中的new_species.pl脚本来创建新的物种特定参数文件时遇到了问题。这个问题通常是因为您指定的物种名称generic已经存在相应的参数文件，脚本提示您这些文件已被创建，如果需要重新创建，需要先删除现有的文件或使用不同的物种名称。

这里是一些可能的解决方案：

1. 检查并删除现有文件：如果确定要重新初始化参数，您可以按照提示删除现有的generic_parameters.cfg和generic_weightmatrix.txt文件。删除后，再次运行new_species.pl脚本。

2. 使用不同的物种名称：如果不想删除现有文件，您可以选择一个不同的物种名称来避免冲突。

3. 确保环境变量配置正确：根据搜索结果 [^2^]，确保您的环境变量AUGUSTUS_CONFIG_PATH正确设置，以便脚本能够找到正确的配置路径。

4. 查看官方文档和教程：您可以查看上海交通大学超算平台的用户手册 [^2^]，了解更多关于Augustus的使用方法和范例，这可能会对您的问题提供额外的帮助。

5. 参考社区讨论：在GitHub上有关Augustus的问题讨论 [^4^] 可能也对您有帮助，您可以查看其他用户是如何解决类似问题的。

6. 使用其他训练方法：如果删除文件或使用不同名称不起作用，您可能需要考虑使用其他的训练方法，比如使用Scipio来制作基因结构文件，然后再用这些文件训练Augustus [^3^]。

希望这些建议能够帮助您解决问题。如果您需要进一步的帮助，请随时告诉我。