基因家族聚类报错，如何解决？（相关搜索：聚类分析）

Question

请问大家基因家族聚类分析，前期都可以跑出来，到Inferring multiple sequence alignments for species tree这一步的时候产生这个错误是什么原因呢，怎么解决啊ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: 255

Command: raxmlHPC-AVX2 -m PROTGAMMALG -p 12345 -s /online1/liuhairui_group/liuhairui/T2Tdahua/jiazujulei/pep/OrthoFinder/Results_May01/WorkingDirectory/Alignments_ids/OG0000009.fa -n OG0000009 -w /online1/liuhairui_group/liuhairui/T2Tdahua/jiazujulei/pep/OrthoFinder/Results_May01/WorkingDirectory/Alignments_ids > /dev/null

stdout:
b''
stderr:
b''

Answer 1

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基因家族聚类分析中RAxML报错(Error 255)解决方案

错误分析

您遇到的错误是在使用OrthoFinder进行基因家族聚类分析时，RAxML程序返回了错误代码255。错误信息显示：

ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: 255
Command: raxmlHPC-AVX2 -m PROTGAMMALG -p 12345 -s [alignment_file] -n OG0000009 -w [working_directory] > /dev/null
stdout:b'' stderr:b''

可能原因

1. RAxML版本不兼容：使用了错误的RAxML版本或编译版本
2. 输入文件问题：多序列比对文件(OG0000009.fa)可能存在问题
3. 权限问题：对工作目录没有写入权限
4. 内存不足：系统内存不足以运行RAxML
5. RAxML二进制文件路径问题：OrthoFinder找不到RAxML可执行文件

解决方案

1. 检查RAxML安装和版本

首先确认您安装了正确版本的RAxML：

# 检查RAxML是否安装
which raxmlHPC-AVX2

# 检查RAxML版本
raxmlHPC-AVX2 -v

2. 验证输入文件

检查多序列比对文件是否有效：

# 检查文件是否存在
ls -lh /online1/liuhairui_group/liuhairui/T2Tdahua/jiazujulei/pep/OrthoFinder/Results_May01/WorkingDirectory/Alignments_ids/OG0000009.fa

# 检查文件内容
head /online1/liuhairui_group/liuhairui/T2Tdahua/jiazujulei/pep/OrthoFinder/Results_May01/WorkingDirectory/Alignments_ids/OG0000009.fa

3. 手动运行RAxML测试

尝试手动运行相同的命令以获取更详细的错误信息：

cd /online1/liuhairui_group/liuhairui/T2Tdahua/jiazujulei/pep/OrthoFinder/Results_May01/WorkingDirectory/Alignments_ids
raxmlHPC-AVX2 -m PROTGAMMALG -p 12345 -s OG0000009.fa -n OG0000009_test

4. 常见解决方法

1. 重新安装RAxML：

   # 下载最新版RAxML
   wget https://github.com/stamatak/standard-RAxML/archive/master.zip
   unzip master.zip
   cd standard-RAxML-master
   make -f Makefile.AVX2
   sudo cp raxmlHPC-AVX2 /usr/local/bin/
   

2. 尝试使用其他RAxML版本：

   # 使用SSE3版本代替AVX2
   raxmlHPC-SSE3 -m PROTGAMMALG -p 12345 -s OG0000009.fa -n OG0000009
   

3. 检查文件权限：

   chmod -R 755 /online1/liuhairui_group/liuhairui/T2Tdahua/jiazujulei/pep/OrthoFinder/Results_May01/WorkingDirectory
   

其他建议

1. 确保您的系统满足RAxML的内存要求
2. 检查OrthoFinder配置文件中的RAxML路径设置
3. 尝试减少线程数运行（如果使用了多线程）
4. 考虑使用FastTree作为替代方案（如果RAxML持续失败）

如果以上方法都不能解决问题，建议提供以下信息以便进一步诊断：

• 完整的OrthoFinder命令
• 系统信息（Linux版本、内存大小）
• RAxML安装详情
• OG0000009.fa文件的前几行内容