最近在弄SNP的数据，对于基因变异的编码HGVS的含义不是特别清楚，在网上能查到的只有这样的信息，比如：
但是我想知道1.替换的具体含义，比如123位的碱基A被T替换，那么该位置的同源染色体上对应的位置的碱基是什么？
但是我想知道1.替换的具体含义，比如123位的碱基A被T替换，那么该位置的同源染色体上对应的位置的碱基是什么
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於黾 2022-12-19 09:19关注就是原来123这个位置是A，现在变成T了呗
那么怎么知道它原来是个A呢，怎么知道原来不是T呢，就是跟参考序列相比较的结果，参考序列上还是A，而这个染色体上是个T，说明替换掉了
而同源染色体上大概率不会刚好同一个位置发生变异，所以应该是和参考序列一致的才对
参考序列又是哪来的呢，可能是一个大规模筛查取多数值的结果，总之不会拿单一个体的基因序列当参考的本回答被题主选为最佳回答 , 对您是否有帮助呢?解决 无用评论 打赏举报 编辑记录 分享
- 2022-12-19 09:14回答 1 已采纳 就是原来123这个位置是A，现在变成T了呗那么怎么知道它原来是个A呢，怎么知道原来不是T呢，就是跟参考序列相比较的结果，参考序列上还是A，而这个染色体上是个T，说明替换掉了而同源染色体上大概率不会刚好
- 2021-05-19 15:51回答 2 已采纳 参考一下：https://blog.csdn.net/david10251025/article/details/102093869
- 2019-02-04 10:17回答 2 已采纳 根据我的理解，你应该是转换成onehot标签，至于序列匹配，你可以用KMP算法。 kmp算法在 python 里的实现看这个：https://blog.csdn.net/weixin_3956110
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- 2022-12-19 14:19回答 5 已采纳 import Levenshtein a = 'GGAGTTATGGCTGAGTGGTT' b = 'GGTGGAAGGGCTAGGGAGCA' res = Levenshtein.hamming
- 2022-09-15 10:27回答 4 已采纳 v的input有问题啊，尾部应该两个括号在一起啊，把冒号引号放到括号前面第5行也是一样问题仔细一看是这两行尾部少了一个括号 try: t=int(input('请输入靶基因条数（阿拉伯整数）且
- 2016-12-12 14:37回答 7 已采纳 首先找规律用矩阵是不行的 利用率不高 代码如下 如有问题可以联系我:嘿嘿 ，我编的有不足的地方 但结果是对的； # include # include # define N 100
- 2022-05-24 19:14桓峰基因的博客 phased注释：测到的是一对同源染色体上的两个碱基，比如，一个SNP标记在一个个体当中的的结果是AA，在另一个个体当中的结果是TT， 若两个SNP标记在同一条染色体上后，如果这个两个位点都是杂合的，一个是AT，另一个...
- 2017-04-25 05:44回答 3 已采纳 try this ``` if __name__=="__main__": main(args) ```
- 2022-04-30 14:00回答 1 已采纳 def dna(s): ans = "" for i in s: if i == "A": ans += "T" elif i
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