呵呵哒12138 2018-07-24 10:12 采纳率: 40%
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pink时出现错误,求大神指导

我使用以下流程对vcf文件进行格式转换
vcftools --vcf tmp.vcf --plink --out tmp(VCFtools v0.1.13)
plink --noweb --file tmp --make-bed --out tmp(PLINK v1.90b3y 64-bit )
在plink时出现了错误:
Note: --noweb has no effect since no web check is implemented yet.
32059 MB RAM detected; reserving 16029 MB for main workspace.

Error: Invalid chromosome code '27' on line 49849001 of .map file.
(This is disallowed for humans. Check if the problem is with your data, or if
you forgot to define a different chromosome set with e.g. --chr-set.).
这是哪里出了问题呢,我要如何处理呢,求大神指导。

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  • 想不到个好网名 2019-10-24 11:29
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    你试试在plink操作流程使用 --allow-extra-chr

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