基因组组装(Genome assembly),基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapping assembly)。
我的基因组组装流程如下:
1、使用FastQC对raw-date进行质量评估,指导接下里需要对基因组的处理,譬如,过滤,裁剪等。
2、“Trimmomatic”过滤低质量的数据
3、过滤后的文件,用“Kmergenie”来预测最佳的kmer值。
4、使用从头组装软件进行拼接,例如用Velveth、SOAPdenovo、Spades、IDBA、Megahit得到contig
5、用quast评估这一阶段拼接结果
6、“用contig组装scaffold”,这一步不清楚怎么进行。
7、使用映射比对组装(mapping assembly)软件,将scaffold按照参考基因组拼接成为完整的基因组。
现在的问题有两个:
(1)是第4步骤产生的contig 能否直接替代第6步骤中的scaffold,如果不能替代的,有什么软件来实现这一步?
(2)第7步骤映射比对组装(mapping assembly) ,我没查到用什么软件。