node中间层的代码需要在webpack中打包吗

Question

学习webpack和node时其实一直有个疑问，webpack能把很多前端代码进行打包加密处理，那么node中间层的代码需要放到webpack项目中吗，以及node中间层的代码需要打包吗？
还有就是如果用node做中间层链接的是前端自己写的mongoDB非关系型数据库时，这些代码需要跟webpack的纯前端代码放一起吗？安全性又该如何保障呢？
我知道这个问题也许很奇怪，但是确实没太接触过这类项目，所以不知道实际项目怎么才是标准或者合理的，希望有朋友能够解答一下我的疑惑。