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Dream_eyes
2022-08-07 15:14
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编程语言
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TCGA样本分组 R语言
r语言
类似于这样的数据怎么用R语言操作将样本分成两组(cluster1和cluster2)
列如:cluster1(gene1低表达;gene2高表达);cluster2(gene1高表达;gene2低表达)
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读取文件出现如下错误
r语言
有问必答
2021-10-10 21:37
回答 2
已采纳
提示错误是第6583行没有425个元素。可能是数据残缺,也可能是该行的分隔符有问题。检查一下原始数据,并作出相应修改。如有帮助,请点击采纳按钮给予采纳~~
R语言
下载完
TCGA
数据时,运行GDCprepare()函数时,总是报C盘临时文件夹的一个错误
r语言
有问必答
2021-04-10 23:16
回答 3
已采纳
可能是下载的数不完整,或者数据存放路径有问题。建议先将dataPath这个部分代码注释掉,这样来写: BiocManager::install("
TCGA
biolinks") library(TC
R语言
矩阵更改元素格式时出现问题
r语言
有问必答
2021-09-17 12:03
回答 1
已采纳
需要对点号进行转义。参考代码如下: e<-'
TCGA
.2J.AAB1' f<-gsub('\\.','-',e) print(f) #output:"
TCGA
-2J-AAB1"
tcga
数据差异分析
r语言
数据库
2023-02-28 18:13
回答 2
已采纳
基于Monster 组和GPT的调写:在R中使用na.omit()函数时,它会删除包含缺失值的行并返回一个不包含缺失值的数据框。在您的代码中,您没有将结果赋值给新的对象,所以原始数据框被改变并且删除了
生信
TCGA
差异基因分析getDiffExpressedGenes报错
r语言
有问必答
2021-11-14 22:48
回答 4
已采纳
看仔细了,getDiffExpressedGenes这个函数里面,dataObject@RNASeq2GeneNorm可能是一个空的量,所以dim出来也都是0
tcga
数据预后分析
r语言
数据库
2023-03-01 10:27
回答 1
已采纳
一眼光俊,这个出结果是有条件的(pValue<0.01) & (roc$AUC[2]>0.68) & (pValueTest<0.05) & (rocTest$AUC[2]>0
tcga
预后森林图绘制
r语言
数据库
2023-03-01 12:02
回答 2
已采纳
基于Monster 组和GPT的调写:看起来是绘图时的一个坐标轴问题。由于 Cox 回归模型中某个变量可能具有无限的系数,因此在绘图过程中出现了这个问题。此外,在警告信息中,coxph 函数也提示您在
TCGA
临床数据cbind:see arg 36
r语言
2023-03-17 23:48
回答 5
已采纳
参考GPT和自己的思路:这个错误提示说明你尝试使用cbind函数合并数据时,发现有些矩阵的行数不一致,无法进行合并。根据你的代码,我猜测这个问题可能是由于不同的xml文件中,数据的列数不同所导致的。
GEO数据基因表达量验证
TCGA
模型
r语言
2023-03-09 15:48
回答 1
已采纳
小魔女参考了bing和GPT部分内容调写:使用GEO数据和
TCGA
模型筛选出的预后基因,可以对这些基因的表达量进行分析,以验证
TCGA
模型的准确性。可以通过比较GEO数据库和
TCGA
数据库中基因的表达
TCGA
数据库建模后GEO数据库或ICGC数据库验证
r语言
2023-02-19 23:00
回答 8
已采纳
该回答引用ChatGPT 有可能是由于两个数据集的差异性导致的。虽然两个数据集都是肝癌数据,但是不同的实验条件、处理方法、测序平台等都会导致基因表达的差异。在使用外部验证数据集时,可以进行以下步骤来
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