TCGA临床数据cbind：see arg 36

Question

合并TCGA临床数据出现不同案例 列数不同 而难以cbind

library("XML")
library("methods")
dir="all/"      
all_fiels=list.files(path = dir ,pattern='*.xml$',recursive=T)##导入文件
cl = lapply(all_fiels, function(x){
  result <- xmlParse(file = file.path(dir,x)) 
  rootnode <- xmlRoot(result)  
  xmldataframe <- xmlToDataFrame( rootnode[2] ) 
  return(t(xmldataframe)) })
clinical <- t(do.call(cbind,cl))
write.table(clinical,file="clinical.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)##建议保存一下 一边后续使用

错误内容是：第10行代码：

Error in (function (..., deparse.level = 1)  : 
  number of rows of matrices must match (see arg 36)

请教该如何解决?
数据附上：[]
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提取码:51e6)

初步构思：来自不同病重个案的临床数据列数不同因而不能cbind
解决方法：1.分开处理（但是不知道那些是一样的 那些是不一样的
解决方法：2.请各位指点一下如何修改现有代码实现目的。

Answer 1

参考GPT和自己的思路：这个错误提示说明你尝试使用cbind函数合并数据时，发现有些矩阵的行数不一致，无法进行合并。根据你的代码，我猜测这个问题可能是由于不同的xml文件中，数据的列数不同所导致的。

为了解决这个问题，你可以尝试以下几种方法：

1 对于不同的xml文件，手动添加缺失的列，并将缺失列填充为NA，确保每个矩阵的列数相同。具体来说，你可以先获取所有xml文件中出现过的列名，然后将这些列名添加到每个矩阵中，最后使用cbind函数进行合并。

2 如果你只需要合并每个xml文件中相同的列，而对于不同的列则不需要合并，那么可以使用merge函数进行合并。merge函数可以根据指定的列将多个数据框合并为一个数据框，合并时只保留指定的列，其它列将被删除。你可以先将每个xml文件转换为数据框，然后使用merge函数进行合并。

下面是示例代码，供你参考：

方法一：

library("XML")
library("methods")
dir="all/"      
all_fiels=list.files(path = dir ,pattern='*.xml$',recursive=T)##导入文件
all_cols <- character(0) # 存储所有列名
cl <- lapply(all_fiels, function(x){
  result <- xmlParse(file = file.path(dir,x)) 
  rootnode <- xmlRoot(result)  
  xmldataframe <- xmlToDataFrame(rootnode[2])
  # 将每个数据框的列名存储到all_cols中
  all_cols <<- unique(c(all_cols, names(xmldataframe)))
  # 添加缺失的列
  xmldataframe[setdiff(all_cols, names(xmldataframe))] <- NA
  return(t(xmldataframe)) 
})
clinical <- t(do.call(cbind,cl))
write.table(clinical,file="clinical.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)

方法二：

library("XML")
library("methods")
dir="all/"      
all_fiels=list.files(path = dir ,pattern='*.xml$',recursive=T)##导入文件
cl <- lapply(all_fiels, function(x){
  result <- xmlParse(file = file.path(dir,x)) 
  rootnode <- xmlRoot(result)  
  xmldataframe <- xmlToDataFrame(rootnode[2])
  return(xmldataframe) 
})
# 根据SampleID列合并数据
clinical <- Reduce(function(x, y) merge(x, y, by = "SampleID"), cl)
write.table(clinical,file="clinical.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)