如何在NCBI上下载高通量的测序数据
我想从NCBI上下载16s、18srRNA的测序数据,目前能够一个一个的下载,但是遇到一个PRJNA中含有几百个SRA(如PRJNA658387 )或者一个PRJNA中含有的每个SRA的大小很大时如(PRJNA658438)就无法下载,想请教一下如何能够快速从NCBI上下载此类数据,我目前已经尝试了SRA Toolkit 下载数据,但是这个下载下来的是.sra的文件,而不是直接下载下来的fastq.gz文件
另外我在查找资料的过程中发现最新有一种方法是grabseqs这个软件,可以直接根据你需要的PRJNA号下载fatsq文件,但我在使用过程中一直报错,不知道是什么问题?
我的问题是两个:
1.如何将上百个.sra的文件转化为fastq.gz的文件?
2.如何使用grabseqs直接下载PRJNA号下对应的所有fastaq格式的SRA文件?
如何在NCBI上下载高通量的测序数据
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