如何在NCBI上下载高通量的测序数据

Question

如何在NCBI上下载高通量的测序数据
我想从NCBI上下载16s、18srRNA的测序数据，目前能够一个一个的下载，但是遇到一个PRJNA中含有几百个SRA（如PRJNA658387 ）或者一个PRJNA中含有的每个SRA的大小很大时如（PRJNA658438）就无法下载，想请教一下如何能够快速从NCBI上下载此类数据，我目前已经尝试了SRA Toolkit 下载数据，但是这个下载下来的是.sra的文件，而不是直接下载下来的fastq.gz文件
另外我在查找资料的过程中发现最新有一种方法是grabseqs这个软件，可以直接根据你需要的PRJNA号下载fatsq文件，但我在使用过程中一直报错，不知道是什么问题？
我的问题是两个：
1.如何将上百个.sra的文件转化为fastq.gz的文件？
2.如何使用grabseqs直接下载PRJNA号下对应的所有fastaq格式的SRA文件？

Answer 1

有用请采纳：
1.这里你就 可以使用 SRA Toolkit 中的 fastq-dump 工具把 .sra 文件转化为 fastq 格式，然后再使用 gzip 工具压缩成 .gz 格式。例如，打开命令行，在命令行中运行：

fastq-dump --split-files --gzip SRRXXXXXXX (其中 SRRXXXXXXX 是SRA文件的编号)

或者，在命令行中运行：

for i in $(ls *.sra); do
  fastq-dump --split-files --gzip $i
done

这个代码把当前目录下所有 .sra 文件进行转换。
2.grabseqs ，它是一个用于从NCBI下载高通量测序数据的工具，这个工具需要python环境支持。安装grabseqs之后，你可以使用命令来直接下载PRJNA号下对应的所有fastq格式的SRA文件

grabseqs -p PRJNA658387 -f fastq -o path/to/output/folder