vcf文件转成plink文件

Question

我使用plink 输入如下代码
plink --vcf 3.vcf --recode --allow-extra-chr --out 3_reseq
把vcf文件转成plink文件，出现 Improperly formatted .vcf header line. 这个错误，我该如何修改？

Answer 1

“Devil组”引证GPT后的撰写：
打开VCF 文件，检查文件头中是否包含了以下几个必要的字段：

##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">

其中 ##fileformat=VCFv4.2 是必须的，它表示这是一个符合 VCF 4.2 标准的文件。其他字段是根据您的数据情况而定，可以根据需要进行修改。
如果文件头中包含了其他不符合规范的字段，可以将其删除或者修改为符合规范的格式。

保存修改后的文件，重新运行 plink。