云水禅心806 2023-03-04 16:14 采纳率: 100%
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已结题

vcf文件转成plink文件

我使用plink 输入如下代码
plink --vcf 3.vcf --recode --allow-extra-chr --out 3_reseq
把vcf文件转成plink文件,出现 Improperly formatted .vcf header line. 这个错误,我该如何修改?

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  • 「已注销」 2023-03-04 18:43
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    “Devil组”引证GPT后的撰写:
    打开VCF 文件,检查文件头中是否包含了以下几个必要的字段:

    ##fileformat=VCFv4.2
    ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
    ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
    ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
    
    
    

    其中 ##fileformat=VCFv4.2 是必须的,它表示这是一个符合 VCF 4.2 标准的文件。其他字段是根据您的数据情况而定,可以根据需要进行修改。
    如果文件头中包含了其他不符合规范的字段,可以将其删除或者修改为符合规范的格式。

    保存修改后的文件,重新运行 plink。

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