无法载入共享目标对象怎么办

Question

gtf <- rtracklayer::import('Homo_sapiens.GRCh38.109.chr.gtf')
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
无法载入共享目标对象‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/rtracklayer/libs/rtracklayer.so’：:
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/rtracklayer/libs/rtracklayer.so, 6): Symbol not found: ____chkstk_darwin
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/rtracklayer/libs/rtracklayer.so
Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib
in /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/rtracklayer/libs/rtracklayer.so

Answer 1

• 参考GPT的内容和自己的思路:

• 这个错误可能是由于 rtracklayer 库在编译时没有正确链接到系统库或与其他库不兼容而导致的。可以尝试以下几种解决方法：

1. 更新或重新安装 rtracklayer 库，可能会解决共享对象无法载入的问题。

1. 检查系统库是否正常。可以尝试更新或重新安装系统库，例如 libSystem.B.dylib。也可以检查是否存在其他库与 rtracklayer 库发生冲突。

1. 尝试重新编译 rtracklayer 库并链接到正确的系统库。这需要一些编程知识和技能，可以参考 rtracklayer 库的文档和源代码。

1. 选择其他可用的 R 包，以满足你的需求。

1. 如果你使用的是 macOS 操作系统，可以尝试在终端中运行以下命令，更新 Xcode 开发工具和 Command Line Tools：

xcode-select --install