本地数据两样本MR如何找代理SNP

Question

本地数据的两样本MR操作时，提取暴露的工具变量在结局的信息时，很多IV在结局数据找不到，如何使用代理SNP获得更多的工具变量IV用于分析呢？
很多问题不明白
1、要找代理SNP如何找呢？从（https://ldlink.nih.gov/%EF%BC%89%E4%B8%80%E4%B8%AA%E4%B8%80%E4%B8%AA%E8%AE%BE%E7%BD%AE%E5%8F%82%E6%95%B0%E6%89%BE%E5%BE%88%E9%BA%BB%E7%83%A6
可以设置代码自动从这个网站获取吗？
2、一般文章找的代理SNP都需符合r2＞0.8，这个参数在哪里设置呢
3、如果网站上能找到很多个r2＞0.8的代理SNP，是随便选一个当代理SNP吗
4、有了代理SNP的rs号，其他暴露和结局的信息如何获得呢，应该放进哪个数据中继续运行双样本MR呢
总体就是不清楚用R代码如何使用代理SNP，各文章写的都很简略，具体在R语言上不会操作

Answer 1

以下是针对您的问题的回答：

• 1.寻找代理SNP：在寻找代理SNP时，可以使用基因组关联研究（GWAS）等公共数据库来查找。您可以通过输入相关基因或疾病名称来搜索GWAS结果，并查找与您的暴露和结局变量相关的联的SNP。另外，还可以使用基因组变异性工具（如SNPedia）来查找与您的暴露和结局变量相关联的SNP。
• 2.设置R2阈值：在选择代理SNP时，通常会使用R2值来评估SNP与暴露和结局变量之间的关联强度。R2值越高，表示SNP与暴露和结局变量之间的关联越强。在双样本MR中，通常要求代理SNP的R2值高于0.8以保证其作为工具变量的有效性。您可以在R语言中使用GWAS数据来设置这个阈值，例如使用gap包中的函数。
• 3.选择代理SNP：如果找到多个符合条件的代理SNP，则应选择与暴露和结局变量关联最强的一个。您可以使用多种方法来评估SNP与暴露和结局变量之间的关联强度，如卡方检验或线性回归模型等。在R语言中，您可以使用相应的函数来计算这些统计量并选择最佳的代理SNP。
• 4.获取暴露和结局信息：一旦确定了代理SNP，您可以通过公共数据库（如Ensembl或NCBI）查找该SNP的基因组位置和相关信息。这些信息通常包括该SNP所在的基因、基因表达模式、蛋白质功能等。对于结局变量，您可以使用相应的数据集或队列来获取相关信息。在R语言中，您可以使用相应的包来获取这些信息，例如使用gap包中的函数。

总体而言，使用代理SNP进行双样本MR分析需要一定的编程技能和生物统计学知识。如果您对此不熟悉，建议您咨询专业人士或参考相关文献以获得更详细的信息和指导。