python DNA序列转化为蛋白质序列

Question

python DNA序列转化为蛋白质序列

利用python将 “1.txt” 文件中一段长度不限的DNA序列转换成氨基酸序列，并输出结果到 “1t.txt” 文件。
遇到问题请指点。
“1.txt” 文件：
ATGCACCACTTAAGATCAGCGCTGCCTTATGCC
python代码：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

with open('1.txt', 'r') as f, open('1t.txt', 'w') as f_out:

def translate(seq):     
    table = {
        "TTT":"F", "TTC":"F", "TTA":"L", "TTG":"L",
        "TCT":"S", "TCC":"S", "TCA":"S", "TCG":"S",
        "TAT":"Y", "TAC":"Y", "TAA":"*", "TAG":"*",
        "TGT":"C", "TGC":"C", "TGA":"*", "TGG":"W",
        "CTT":"L", "CTC":"L", "CTA":"L", "CTG":"L",
        "CCT":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
        "CAT":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
        "CGT":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
        "ATT":"I", "ATC":"I", "ATA":"I", "ATG":"M",
        "ACT":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
        "AAT":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
        "AGT":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
        "GTT":"V", "GTC":"V", "GTA":"V", "GTG":"V",
        "GCT":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
        "GAT":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
        "GGT":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G"
    } 
def translate(seq):   
    protein =""
    for i in range(0, len(seq), 3):
        codon = seq[i:i+3]
        if codon in table:
            protein += table[codon]
        else:
            protein += 'X'
with open('1t.txt', 'w') as f:
    f.write(protein)

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

问题分析：

根据提供的python代码，我发现其中有一些问题：

1. 缺少主程序的调用，即没有调用translate函数将DNA序列转化为氨基酸序列；
2. 在translate函数中，定义了两次相同的函数；
3. 缺少对translate函数的调用；
4. 最后一行代码f.write(protein)缩进错误。

解决方案：

1. 将translate函数的定义移动到with open('1.txt', 'r') as f, open('1t.txt', 'w') as f_out:的缩进内；
2. 在with open('1.txt', 'r') as f, open('1t.txt', 'w') as f_out:的缩进内添加主程序的调用：f_out.write(translate(seq))；
3. 删除多余的translate函数定义。

修改后的代码如下：

with open('1.txt', 'r') as f, open('1t.txt', 'w') as f_out:
    seq = f.read()

    def translate(seq):     
        table = {
            "TTT":"F", "TTC":"F", "TTA":"L", "TTG":"L",
            "TCT":"S", "TCC":"S", "TCA":"S", "TCG":"S",
            "TAT":"Y", "TAC":"Y", "TAA":"*", "TAG":"*",
            "TGT":"C", "TGC":"C", "TGA":"*", "TGG":"W",
            "CTT":"L", "CTC":"L", "CTA":"L", "CTG":"L",
            "CCT":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
            "CAT":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
            "CGT":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
            "ATT":"I", "ATC":"I", "ATA":"I", "ATG":"M",
            "ACT":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
            "AAT":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
            "AGT":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
            "GTT":"V", "GTC":"V", "GTA":"V", "GTG":"V",
            "GCT":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
            "GAT":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
            "GGT":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G"
        }

        protein =""
        for i in range(0, len(seq), 3):
            codon = seq[i:i+3]
            if codon in table:
                protein += table[codon]
            else:
                protein += 'X'
        return protein

    f_out.write(translate(seq))

希望能解决你的问题！