voxel spacings inconsistent between NIFTI s-form and header field pixdim

Question

mrconvert -fslgrad HC001.bvec HC001.bval HC001.nii HC001.mif -force
mrconvert: [WARNING] voxel spacings inconsistent between NIFTI s-form and header field pixdim

有朋友遇到过这个问题吗，怎么解决这个问题，请赐教

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

这个问题是由于NIfTI格式文件的"s-form"和"pixdim"字段中的体素间距不一致导致的。这可能是由于文件转换或生成过程中的错误导致的。要解决这个问题，你可以尝试以下几个步骤：

1. 确认问题： 首先，你可以使用mrinfo命令来检查NIfTI文件的头部信息，确定"s-form"和"pixdim"字段之间的差异。你可以运行以下命令：

mrinfo HC001.nii

检查输出中"s-form"和"pixdim"字段的值，确认它们的不一致。

2. 更新头部信息： 如果发现"s-form"和"pixdim"的值不一致，你可以使用mrconvert命令以-strides选项更新NIfTI文件的头部信息，使它们保持一致。你可以运行以下命令：

mrconvert HC001.nii -strides -1,+2,+3 HC001_fixed.nii -force

这个命令将重置"s-form"和"pixdim"字段，将其与NIfTI文件的轴顺序保持一致，并将结果保存为HC001_fixed.nii。

3. 利用其他工具进行修复： 如果以上步骤无法解决问题，你可以尝试使用其他工具如FSL进行修复。首先，你需要安装FSL软件包，并使用fslorient命令检查NIfTI文件的方向信息。利用以下命令安装FSL：

sudo apt-get install fsl

然后，你可以使用fslswapdim命令和fslorient命令来修复NIfTI文件的头部信息。运行以下命令：

fslswapdim HC001.nii RL PA IS HC001_fixed.nii
fslorient -deleteorient HC001_fixed.nii

这两个命令将修复NIfTI文件的方向和头部信息，并将结果保存为HC001_fixed.nii。

希望这些步骤能够帮助你解决问题！如果你需要更进一步的帮助，请提供更多的信息。