Windows安装FastQC遇到[Errno 22] Invalid argument: 'F'的问题

Question

尝试了好几种办法
 
1. 用Anaconda Prompt安装FastQC的时候

conda activate biobakery
conda install -c bioconda fastqc

报错：[Errno 22] Invalid argument: 'F:\Anaconda\pkgs\fastqc-0.12.1-hdfd78af_0\bin\fastqc'
 
尝试清理conda pkgs

conda clean -p

用conda重新安装，用本地压缩文件和

conda install -c bioconda fastqc

均出现报错：[Errno 22] Invalid argument: 'F:\Anaconda\pkgs\fastqc-0.12.1-hdfd78af_0\bin\fastqc'
 
2. 用本地下载的包安装

conda activate biobakery
cd /d F:\Anaconda\pkgs
conda install --use-local fastqc-0.12.1-hdfd78af_0.tar.bz2

报错：[Errno 22] Invalid argument: 'F:\Anaconda\pkgs\fastqc-0.12.1-hdfd78af_0\bin\fastqc'
 
3. 在Git Bash中安装

unzip fastqc_v0.12.1.zip
cd FastQC
chmod 755 fastqc #更改权限
echo 'export PATH=~/toolszip/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

但此时 fastqc -h显示没有commond not found
 

 

请问有没有办法解决？

Answer 1

参考通义千问和郭老师的小迷弟雅思莫了-编写提供，主要是为了帮助您快速解决问题，如下回答，您可以参考下，如有问题，评论区留言。

这个问题看起来是路径中包含了非法字符或者路径格式不正确导致的。在Windows系统中，文件路径名不能以''结尾，从错误信息来看，FastQC可执行文件的路径可能存在问题。

尝试以下解决方案：

1. 请确保Anaconda环境和路径设置正确无误。在命令行中使用conda install时，请尝试用双反斜杠(\\)替换单反斜杠(\)作为路径分隔符，例如：

   conda install -c bioconda fastqc -p F:\\Anaconda\\pkgs
   

2. 如果是因为FastQC二进制文件路径的问题，可能是由于路径解析异常。可以尝试卸载已安装的FastQC，然后重新安装，同时注意观察路径是否正确：

   conda remove fastqc
   conda clean --all # 清理所有缓存并解决可能存在的路径问题
   conda create -n your_env_name
   conda activate your_env_name
   conda install -c bioconda fastqc
   

3. 在激活的Anaconda环境中直接运行FastQC可执行文件，查看是否存在路径问题：

   conda activate biobakery
   which fastqc # 查看fastqc的实际路径
   

4. 对于通过解压zip文件手动安装的情况，需要将FastQC的bin目录添加到系统的PATH环境变量中。在Windows系统中，应该编辑系统环境变量而非bashrc文件（因为您是在Windows环境下）。

如果以上方法仍无法解决问题，建议考虑完全卸载并重新安装Anaconda，或在没有空格或特殊字符的路径下安装Anaconda以避免潜在的路径解析问题。