hdf5r包安装错误

Question

f [ "1.10.6" != "" ]; then patch -p2 < patch_1.10.6; fi
/bin/bash: line 1: patch: command not found
make: *** [Makevars:28: copy_auto_files] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘hdf5r’

removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/hdf5r’ Warning in install.packages : installation of package ‘hdf5r’ had non-zero exit status

hdf5r安装失败
解决办法：这个错误信息表明在安装R包 hdf5r 时出现了问题。具体地，错误发生在尝试应用补丁（patch）时，并指示 patch 命令未找到。由于缺少 patch 命令，导致编译失败。
在大多数Linux系统中，patch 命令通常通过patch软件包提供。您可以使用系统包管理器安装它。例如，在基于Debian的系统上，可以运行以下命令：
sudo apt-get install patch

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

根据您提供的错误信息，您在安装R包hdf5r时遇到了问题，具体原因是系统中未找到patch命令。为了成功安装此R包，首先需要确保您的Linux系统已安装patch工具。

以下是解决步骤：

1. 安装patch命令： 在基于Debian或Ubuntu的Linux系统上，您可以使用以下命令安装patch工具：

   sudo apt-get update
   sudo apt-get install patch
   

   对于基于RPM的系统（如CentOS或Fedora），可以使用yum或dnf命令：

   # 对于使用yum的系统
   sudo yum install patch
   
   # 对于使用dnf的系统
   sudo dnf install patch
   

2. 重新尝试安装hdf5r R包： 安装完patch之后，请在R环境中重新尝试安装hdf5r包：

   install.packages("hdf5r", dependencies = TRUE)
   

   如果有必要，并且您是从源代码编译安装，请确保先设置好所有依赖项和编译环境，再执行相应的安装脚本。

3. 确认HDF5库及其开发文件： hdf5r包可能还需要HDF5库及其对应的开发文件。请确保它们已经安装在您的系统上。对于不同Linux发行版，可以通过相应的包管理器来安装，例如在Ubuntu上：

   sudo apt-get install libhdf5-dev
   

通过完成以上步骤，应该能够解决因缺少patch命令而导致的hdf5r安装失败的问题。如果在重新安装过程中仍然遇到其他依赖性问题，请按照类似方法逐一排查并安装所缺失的依赖包。