影像组学提取特征，图像标签尺寸不一致

Question

想问一下，如果对带有病灶的3D医学图像提取影像组学特征，是不是要保证image和label的size和spacing一致？
我的image跟label大小和尺寸不一样，image尺寸有的是400×400×400,spacing1×1×1，label尺寸都是128×128×128,spacing1×1×1

Answer 1

上午好☀️☀️☀️️
本答案参考ChatGPT-3.5

如果要对带有病灶的3D医学图像提取影像组学特征，确保image和label的size和spacing一致是很重要的。不同的size和spacing可能会导致图像在提取特征时失真或者信息丢失。

以下是解决方案:

1. 调整image和label的size：将image的size调整为128×128×128，可以使用插值方法来进行调整。可以使用scipy库中的resize函数来实现插值操作。

   from scipy.ndimage import zoom
   
   adjusted_image = zoom(image, (128/400, 128/400, 128/400))
   

2. 调整image和label的spacing：将image的spacing调整为1×1×1，可以通过修改图像的像素间距来实现。

   adjusted_spacing = (1, 1, 1)
   

   如果图像是NIfTI格式，可以使用Python库nibabel来读取和修改图像的间距信息。

   import nibabel as nib
   
   image = nib.load('image.nii.gz')
   
   adjusted_image = nib.Nifti1Image(image.get_fdata(), np.eye(4)*adjusted_spacing[0])
   nib.save(adjusted_image, 'adjusted_image.nii.gz')
   

   对于其他格式的图像，可以根据对应的格式来修改间距信息。

3. 对齐image和label：如果image和label都已经调整为相同的size和spacing，可以确保它们对齐。

   aligned_image = adjusted_image
   aligned_label = adjusted_label
   

   对于3D图像，可以使用如下方法来进行对齐操作。

   from scipy.ndimage import zoom
   
   adjusted_image = zoom(image, adjusted_label.shape / image.shape)
   

注意：在调整size和spacing时，应该保持插值和调整间距操作的一致性，以防止破坏图像的几何结构和信息。

最后，保证了image和label具有相同的size和spacing后，就可以进行影像组学特征的提取。