R语言并行计算beta-NTI中tree文件的类型

Question

我利用R语言并行计算beta-NTI，想问一下，那个系统发育的tree文件无后缀，是由什么软件生成的呢？我用QIIME2生成的可以用吗?

Answer 1

🕗晚上好，题主！目前：🟢[在线]
📢参考通义千问、由郭老师整理提供！
📣今日诗号：明月出天山，苍茫云海间。

tree文件格式

beta-NTI软件中使用的系统发育tree文件通常为Newick格式。Newick格式是一种用于表示树状结构的文本格式。

QIIME2生成的tree文件

QIIME2生成的tree文件也可能是Newick格式的。您可以通过检查文件扩展名或使用文本编辑器查看文件的内容来确认。如果文件扩展名是.nwk或.tre，则很可能是Newick格式。

解决方案

如果您不确定QIIME2生成的tree文件是否为Newick格式，可以使用以下代码将其转换为Newick格式：

# 导入必要的库
library(treeio)

# 读取QIIME2生成的tree文件
tree <- read_tree("qiime2_tree.qza")

# 转换为Newick格式
newick_tree <- write_tree(tree, "newick")

# 将Newick格式的tree文件保存到磁盘
write.table(newick_tree, "newick_tree.nwk", sep="\t", row.names=FALSE, quote=FALSE)

现在，您就可以将转换后的Newick格式tree文件用于beta-NTI中。