DNA甲基化 champ.norm归一化

Question

问题1.为什么champ.norm归一化以后，文件数据为空？
网上搜索说函数在执行标准化（默认算法BMIQ）因为数据差 出现不收敛，就不能提供输出，然后我在excel用箱线图，看了样本表达分布再有GEO2R的密度分布图
似乎也没有明显偏离的样本
就不理解了

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

对于你的问题，champ.norm归一化后文件数据为空的可能原因有几个：

1. 数据质量问题：如果数据质量较差，比如样本的表达分布存在严重偏离或者密度分布图显示样本无明显偏离但实际上数据质量不佳，可能会导致champ.norm在处理过程中出现问题，例如不收敛或无法生成有效的归一化结果。这种情况下，即使你在Excel中的箱线图和GEO2R的密度分布图看起来没有明显偏离的样本，也可能存在数据质量问题。
2. 参数设置问题：在使用champ.norm函数时，需要正确设置参数。如果你的参数设置不正确，比如输入的beta值（myLoadsbeta）有误或arraytype类型不匹配等，可能会导致归一化过程失败或结果异常。请确保你正确设置了这些参数。
3. 软件或环境问题：有时候软件或环境问题也可能导致函数执行失败或结果异常。请确保你的R环境和相关包（如ChAMP和minfi）已经正确安装并更新到最新版本。此外，确保你的计算机有足够的内存和计算能力来处理大型数据集。

为了解决这个问题，你可以尝试以下步骤：

1. 检查数据质量：使用其他方法或工具检查你的数据质量，确保样本表达分布和密度分布没有显著偏离。可以尝试使用其他标准化方法（如TSS、RNASeq等）来处理数据，看看是否仍然出现同样的问题。
2. 检查参数设置：确保你正确设置了champ.norm函数的参数，包括beta值、arraytype类型等。如果仍然不确定如何正确设置参数，请查阅相关文档或教程。
3. 更新软件和包：确保你的R环境和相关包已经更新到最新版本，并尝试重新运行代码。

如果以上步骤仍然无法解决问题，可能需要更深入地检查你的数据和代码。在这种情况下，建议寻求专家帮助或寻求社区支持来解决问题。