转录组分析最后生成GTF文件中出现如图所示问题

Question

Answer 1

这个错误提示说明你在使用 StringTie 进行转录组分析时，生成的 GTF 文件中存在重叠的 mRNA 特征。具体来说，出现了具有相同 ID 的两个 mRNA 特征，这是不允许的。

为了解决这个问题，你需要查找 GTF 文件中具有相同 ID 的 mRNA 特征，并进行合并或删除其中一个。你可以使用一些 GTF 文件编辑器或者文本编辑器来查找和修改这些特征。具体操作步骤如下：

打开生成的 GTF 文件，找到出现错误的那一行，根据提示查看具体的重复 ID。

搜索 GTF 文件，查找所有具有该 ID 的 mRNA 特征。

根据实际情况选择合并或删除其中一个 mRNA 特征。如果这些特征来自于同一个基因，你可以将它们合并为一个 mRNA 特征；如果这些特征来自于不同的基因，你需要删除其中一个 mRNA 特征。

保存修改后的 GTF 文件，并重新运行 StringTie 进行转录组分析。

注意：在修改 GTF 文件时，要小心不要删除或修改不应该删除或修改的特征，否则可能会导致后续的分析出现问题。建议在操作前备份原始的 GTF 文件，以便出现问题时可以恢复。