您好，我是一名生物技术专业大三在读生，我在最近遇到的构建进化树中遇到了一点疑惑
- 关于您在进化树构建的方法原理及检验这一文中，您在构建进化树的流程中提到（5）模型选择中替代模型，一般分为两种，碱基取代模型和位点之间取代速率模型。在后文中又提到了建树方法中，BL和ML依赖于分子进化模型。我想请教您，替代模型和分子进化模型是否指的是一个东西？
其次，我在相关文献中还有我应用 建树软件时，看到了氨基酸取代模型LG+G和WAG+G，这是否指的是上文中的（5）模型选择中的替代模型？但是您又在第（5）模型选择中谈到，对于核酸数据而言，可以通过替代模型中的两个要素进行计算机评估，但是对于氨基酸和密码子数据而言，没有什么评估方案。不知道这里的对于氨基酸数据而言没有评估方案和我看到的LG+G和WAG+G怎么理解？
总结一下，我的疑问是，这些模型之间的关系是怎样的？比如说替代模型是不是所有的建树方法的必经之路；而分子进化模型只是对于BL和ML法来说 ？
