hahahueg 2023-02-27 16:39 采纳率: 87.5%
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已结题

tcga数据整理时一直显示找不到文件

已经设置了工作目录,但是一直报错说找不到文件,求解答

setwd("C:/Users/yilimu/Desktop/167CFRG/04.symbol")
> for (i in 1:600) {
+   path=paste0('gdc_download_20230227_065147.627413',count_file[i])
+   data<-read.delim(path,fill = TRUE,header = FALSE,row.names = 1)
+   colnames(data)<data[2,]
+   data<-data[-c(1:6),]
+   data<-data[3]
+   colnames(data)<-file_samples$sample_id(which(file_samples$file_name==count_file_name[i]))
+   matrix<-cbind(matrix,data)
+   
+ }
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file 'gdc_download_20230227_065147.6274130052ae83-7ae5-470a-a125-5cd94a9fa9e9/a6a6b9c6-9db7-42b3-a09f-770b7e126fbb.rna_seq.augmented_star_gene_counts.tsv': No such file or directory


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1条回答 默认 最新

  • 元气少女缘结神 2023-02-27 16:52
    关注

    这个文件在报错路径下真实存在吗 a6a6b9c6-9db7-42b3-a09f-770b7e126fbb.rna_seq.augmented_star_gene_counts.tsv
    改成这样试下:
    path = paste0('gdc_download_20230227_065147.627413//',count_file[1])

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