kegg通路分级转化成表格

Question

怎么将KEGG Mapper Reconstruction Result转化分层成表格

Answer 1

不知道你这个问题是否已经解决, 如果还没有解决的话:

• 这篇博客也许可以解决你的问题👉 ：通用mapper报语法异常的处理办法
• 除此之外, 这篇博客: R 一些非常用函数中的 7.下载kegg所有通路的所有基因 部分也许能够解决你的问题, 你可以仔细阅读以下内容或者直接跳转源博客中阅读:
  

  remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb")
  createKEGGdb::create_kegg_db(c('hsa'))
  install.packages("KEGG.db_1.0.tar.gz", repos=NULL,type="source")
  library(KEGG.db)
  library(org.Hs.eg.db)
  library(tidyverse)
  KEGGPATHID2EXTID <- KEGG.db::KEGGPATHID2EXTID %>% 
    as.data.frame() %>% 
    mutate(path_id = str_remove(pathway_id,"hsa"))
  KEGGPATHID2NAME <- KEGG.db::KEGGPATHID2NAME %>% 
    as.data.frame() 
  KEGG_all <- KEGGPATHID2EXTID %>% left_join(KEGGPATHID2NAME)
  # kegg_all里的是基因ID，我需要基因名
  kegg <- bitr(unique(KEGG_all$gene_or_orf_id), fromType = "ENTREZID",
             toType = c("SYMBOL" ),
             OrgDb = org.Hs.eg.db)
  KEGG_all = subset(KEGG_all,gene_or_orf_id%in%kegg$ENTREZID)
  KEGG_all$gene_name = kegg$SYMBOL[match(KEGG_all$gene_or_orf_id,kegg$ENTREZID)]
  
  # 构造gsva用得上的列表，注意用tapply并不是返回列表
  gene_set = KEGG_all
  kegg_function<-list()
  for(i in unique(KEGG_all$path_name))
  { kegg_function[[i]]<-KEGG_all[i ==KEGG_all$path_name,2]}
  

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